南华大学附属第二医院病理科，是省“胃癌防治重点实验室”的主要合作科室，是省“乳腺癌、甲状腺癌防治中心”协作科室，占地600平方，现有正式员工17人，14人硕士研究生毕业。诊断医生8人，其中，正高一人，副高两人，主治三人，住院医两人，多人具有北京大学医学部病理学系、四川大学华西医学院病理学系进修学习一年的经历。曾获国家自然基金课题两项。科室拥有各类新进设备，价值近千万，可开展组织病理诊断、脱落细胞学诊断、穿刺细胞学诊断、术中冰冻病理诊断、免疫组化、荧光染色、原位杂交、超声空化病理诊断、常规PCR、荧光原位杂交、荧光定量PCR。在宫颈癌、肠癌、甲状腺癌筛查方面，居于全国领先水平，在胃癌、肠癌、肺癌、乳腺癌、淋巴瘤等肿瘤诊断上，具有丰富的经验。年诊断量3万余例，在全省临床病理诊断领域，占有重要地位。
衡阳地区首家开展该项技术的科室，在全省范围内，也仅仅晚于湘雅系医院。主要包括PCR、荧光原位杂交（FISH）、荧光定量PCR等技术平台，在肺癌、肠癌、乳腺癌、胃癌、甲状腺癌、淋巴瘤靶向治疗中，对于治疗靶点的筛选，起着决定性的作用。开展至今，已经为5000多名患者提供了精准诊断。所有平台每年都通过了国家病理质控中心（PQCC）的质控检测，并且，在2021-2023三年间，连续三次满分通过了欧洲分子基因诊断质量联盟(EMQN)的质控检测。
主要开展项目：
肺癌：EGFR单基因检测、EGFR/ALK/ROS1三基因联检、EGFR/ALK/ROS1/K-ras/N-ras/BRAF V600E/c-MET/HER-2/PIK3Ca/RET十基因联检。
肠癌：K-ras/N-ras/BRAF V600E三基因联检
乳腺癌、胃癌：HER-2扩增检测
甲状腺癌：BRAF V600E
淋巴瘤：bcl-6/bcl-2/MYC三打击检测
