南华大学附属第二医院药学部是一个集药学服务、科研、教学为一体的综合性医院药学部门。2018年成为本地区唯一的中国医院药物警戒系统成员单位，2019年率先在本地区开设“药学咨询门诊”。2021年上线前置审方系统、2022年成为衡阳市首家挂牌的“中华医学会临床药师规范化培训学员培训中心”。

药学部在新、东院区分别设置门急诊药房、住院药房、药库和临床药学室。临床药学室(科)成立于1988年，是衡阳市成立最早、发展最快的医院药学部门，目前设置审方室、临床药师工作室、治疗药物监测(TDM)室、基因检测室、药学科研实验室及信息资料室等部门。