南华大学附属第二医院科研部是集医院科研管理、科学研究为一体的综合性管理科室。科研部根据国家和学校医学科学和临床学科发展的总体战略和目标，在院领导的指导下对接国家战略需求，制订我院科技发展和建设规划，着力提升我院的科研竞争力。
部门由科研管理办公室、临床研究中心、临床药物试验机构办公室和图书室组成，主要开展计划（项目）管理、科技成果管理、科研诚信与学术规范管理、临床研究规范管理、成果转化推进、平台建设、科研经费管理、科技统计等科研管理工作。联合人力资源部开展科研双聘教授的聘任、服务、管理及考核，促进学科科研能力提升、科研人才储备及科研成果产出。负责组织实施重大学科类成果审核与奖励工作以及其他科研相关接待工作。提供公共研究实验中心，总面积达3800平米，总投资逾4000万元。拥有激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、冰冻切片机、在体单细胞膜片钳系统、离体单细胞膜片钳系统、高效液相色谱仪、实时荧光定量PCR仪、多功能酶标仪、凝胶成像仪等精密仪器设备，为培养创新人才和开展高水平科学研究工作提供支撑和保障。负责统筹开展医院临床药物实验，并为全院医务人员和科研人员提供数据查阅平台。
目前科研部拥有专职科研与专业技术人员22人，管理人员3人。博士学历占比12人，硕士及以上学历占比88％，副高及以上职称7人，有“芙蓉”学者、“羊城“学者、“荷尖”人才等高层次人次3人，南华大学附属第二医院青年优秀人才2人。
科研部为全体科研人员提供全程科研管理和培训工作，全年开设福尔大讲堂、科研门诊、国自集中培训与指导等学术活动，面向全院提供不同方向不同层次的科研学术服务。
在科研工作中，截止2025年，组织全院申报科研项目、平台、奖励等近1900余项（其中国家级200余项、省部级700余项、市厅级1000余项）；获批项目553项（其中国家级12项、省部级250项、市厅级291项）。获湖南省科技厅批准建设省级临床研究中心8个（湖南省胃癌防治临床医学研究中心、湖南省终末期肾病临床医学研究中心、湖南省动脉硬化性疾病防治临床医学研究中心、湖南省乳甲疾病防治临床医学研究中心、湖南省急慢性疼痛临床医学研究中心、湖南省肥胖相关性疾病临床医学研究中心、湖南省血栓性疾病防治临床医学研究中心、湖南省认知障碍防治临床医学研究中心）、省级重点实验室1个（消化道肿瘤基础与临床药理研究湖南省重点实验室）；获湖南省社科联认定省级社科普及基地1个（湖南省南华大学附属第二医院居民医疗卫生素养培育与研究基地）；获衡阳市科技局批准建设市级重点实验室4个（衡阳市出血性脑血管疾病重点实验室、衡阳市心力衰竭防治重点实验室、衡阳市肾脏移植重点实验室、衡阳市分子诊断与精准医疗重点实验室）。院级科研平台设置1中心10所（消化系统疾病研究所、创伤与危急重症研究所、脑疾病研究所所长、呼吸系统疾病研究所、麻醉与疼痛研究所、五官疾病研究所、内分泌代谢性疾病及罕见病研究所、临床药学研究所、循环系统疾病研究所、终末期肾病临床研究所）。